El origen del caballo deriva de una especie de mamífero perisodáctilo, que pertenece a la familia de los équidos. Esta familia incluye tres grupos de mamíferos salvajes: las cebras, originarias de África. Asnos, que a su vez incluye al asno salvaje africano y el kiang y al onagro, que habitan en Asia.
La evolución del caballo puede seguirse a través del registro fósil hasta llegar al Hyracotherium, un pequeño mamífero herbívoro que vivió durante el eoceno. El Hyracotherium era un animal con tamaño similar al de un zorro, y tenía cuatro dedos en las patas anteriores y tres en las posteriores.
En el mioceno a Mesohippus le sucedió Hypohippus y Anchitherium, ambas formas colonizaron Eurasia desde América del Norte. Otros descendientes de Mesohippus fueron Miohippus y Merychippus, este último desarrolló dientes con coronas muy altas, lo que le permitió ramonear las hojas y brotes de árboles y arbustos.
Entre los descendientes de Merychippus estaba Hipparion, que durante el plioceno se desplazó y expandió desde Norteamérica hasta Eurasia, y Pliohippus, tal vez el antecesor del caballo moderno, es decir, el género Equus.
El caballo de hoy en día tiene un único dedo en cada extremidad. Por este motivo se le considera un perisodáctilo, es decir, un ungulado mamífero cuyas extremidades terminan en pezuñas con número impar de dedos. El orden de los Perisodáctilos comprende los caballos, los rinocerontes y los tapires.
El dedo del caballo se ha alargado mucho y está protegido por una pezuña córnea que rodea sólo la parte frontal y lateral del pie. Los dedos que en el humano son segundo y cuarto son vestigiales, restos atrofiados de los dedos funcionales primitivos, y están situados más arriba y a cada lado de la pezuña.
Los huesos de la cabeza del caballo son largos y los de la cara tienen el doble de longitud que los del cráneo. La mandíbula inferior es larga, ancha y aplanada en la parte inferior de la zona posterior. La columna vertebral está compuesta por 7 cervicales, 18 dorsales, 6 lumbares, 5 sacras y 15 caudales.
